Все начинается с того, что пять лет назад Учиха Саске сговорившись с Пейном убили Мадару в долгом сражении они одержали над ним верх Пейн стал лидером Акацки, а Саске стал почти неуязвимым. Последний Учиха пришел в Конохагакуре-но сато для того, чтобы уничтожить селение, из-за которого по его мнению он был вынужден ненавидеть, а в последствии потерять своего старшего брата Учиху Итачи. Уничтожая селение, которое когда-то было ему родным домом, Саске не щадил никого включая своего сенсея которого он жестока избил сказав, что убьёт его после уничтожения Конохи. И его Мангеко разил направо и налево. Хокаге была вынуждена вызвать Узумаки Наруто, тогда уже победившего и убившего(как всем казалось) Пейна, Лидера Акацке. Наруто в то время находился в госпитале и был тяжело ранен. Однако, он без сомнений вышел против обозленного Учихи... Завязалось сражение, каких ни один шиноби Листа еще не видел... После двухсуточной битвы оба шиноби были истощены.. И тогда Наруто выпустил всю мощь запечатанного в нем Кьюби.. В ответ на это Саске применил мощнейшую технику своего Мангеко(Сусано)... Битва закончилась через несколько мгновений.. Так как ничего у двух шиноби больше в арсенале не осталось, они начали сражаться на уровне тайдзюцу и в конце концов одновременно смертельно ранили друг друга.
Прошло пять лет с момента гибели Саске и Наруто. Все селения шиноби(кроме Киригакуре) откликнулись на боль Конохи. Наруто был посмертно награжден титулом Шестого Хокаге, его лик высекли на горе Шиппуден. Лидеры остальных селений все чаще становились визитерами в деревне скрытого листа. И в один из таких дней, когда лидеры всех селений явились в Коноху для очередного совещания по поводу совместной политики, явились они... Конан, Хошигаке Кисаме, Зэцу, Суйгецу, Карин, Дзюго... И Пейн. Организация Красного Облака сразу уничтожила половину восстановленного селения... Завязались уличные бои, многие шиноби Листа были убиты и ранены... Чем больше проходило времени, тем меньше оставалось у Конохи боеспособных шиноби... Годайме понемала, что не у кого из ныне живущих шиноби не хватит сил остановить противника и она посовещалось с Хатаке Какаши последний рассказал, что он смог скопировать печати для техники воскрешения мёртвецов он показал Цунаде печати, а та в свою очередь откопала тело сильнейшего хокаге Минато Намикадзе и воскресила его
пожертвовав свой жизнью. Какаши принес своего сенсея в Коноху, но тот был в коме и не мог сражаться. О том, что его воскресили знали только четыре шиноби и куноичи (Какаши, Ямато, Сакура, Шизуне) и старейшены. Но вернемся к нападению Акацки Джонины и АНБУ из всёх деревень кинулись на помщь своим каге, но Акацки откопали Хидана который в свою очередь
убил капитанов АНБУ из всёх пяти стран шиноби и спас своего напарника Какудзу. И всё Акацки собираются перед резидениций хокаге где скрываются все Каге они решили дать Акацкам бой, но поскольку Акацков было больше они взяли с собой силнейших шиноби представителем Конохи был Хатаке Какаши он сразился с Суйгетсу и победил его позже Карин спасла Хазуки, Гаара сразился с Джуго и победил его остальные каге проиграли своим противникам и их убили, также как и старейшин Конохи погибли многие АНБУ и глава Корня Данзо. Всё жители Оставшиеся в живых скрылись в тайном убежище защещёном сильнейшим фудзюцу. Четвертый всё ещё остовался в коме и ждать его пробуждения было не надёжно поэтому Шикамару предложил Хатаке Какаши, а ныне седьмому хокаге план побега из конохи который заключался в том, чтобы уйти через секретный проход находящийся в горе на которой изоброженны лица Хокаге Хатаке понял, что другого выхода нет и согласился АНБУ отвлекли Акацки и остальные жители смогли скрыться. Они поселились в горах и назвались Кэцуэки Сора ( Кровавые Небеса) позже Акацки захватили Кири, Кусу и Ивы большенство их жителей бежали в Кэцуэки Сора, самое сильное сопротивление оказывет Суна и Кумо. Акацки начали набирать людей в свою армию.
Прошло ещё пять лёт Йондайме очнулся первым кого он увидел был Какаши который всё рассказал своему сенсею который был в шоке, но выяснилось, что он потерял былую силу и Минато уходит на год на гору Мекмакбеку где он усердно тренируется востоновив свою былую силу Минато возращается в Кэцуэки Сора и сменяет Какаши на посту лидера организации и готовит план войны.